巴氏杀菌槽基于巴氏杀菌法，利用病原体不耐热的特点，在适当温度和保温时间下杀灭微生物。其工作流程是：

　　温度控制：将杀菌槽中的热水温度控制在60–85℃之间(具体温度根据食品类型和工艺要求调整)，通过温度控制仪将设定的PU值(巴氏杀菌单位，在60℃下经历1分钟所引起的灭菌效应为一个PU值)转化为各温区水槽的实际控制温度曲线。

　　分级处理：物料通过链条或网带依次经过多个温区，包括逐级升温预热、杀菌和逐级降温冷却。

　　杀菌效果：通过准确控制温度和时间，杀灭主要致病菌(如沙门氏菌、大肠杆菌)，同时保留部分无害或有益的耐热菌(如细菌芽孢)，保持食品的天然属性和营养成分。

　　类型：

　　水浴式巴氏杀菌槽：物料浸泡在恒温水槽中，缓慢升温杀菌，适用于袋装食品、软包装等。

　　隧道式巴氏杀菌槽：产品进入隧道，通过喷淋热水逐步升温至杀菌温度，保温一定时间后，再喷淋冷水冷却，主要用于瓶装或罐装饮料。

　　巴氏杀菌槽广泛应用于乳品、果汁饮料、啤酒、白酒、茶饮料等液态食品的杀菌处理，也可用于蔬菜、腌渍菜、豆制品等食品的杀菌以及水果、山野菜等的漂烫或预煮等工序。